サンダー3

ぴょんたろう、ひろし、つばめの通称"スモール3"(スリー)は、担任のドクから借りた謎のディスクを再生する。だが彼らが目を離した隙に、ぴょんたろうの妹、ふたばが姿を消してしまう。

異世界に迷い込んだ3人は、そこでしか発揮できない驚異的な力に気づく。彼らは"別バージョン"の自分たちと出会い、それまでの現実との違いを知ることに。

ふたばをさらった異星人たちは彼女を解剖しようと試みるが、まったく通用しない。ふたばがひたすら大好きな"にーたん"を探し回る一方、スモール3は一触即発の事態に直面する。

異星人に支配され、ディストピアのようになった世界で鬱屈(うっくつ)とした日々を送る大学生の瀬上。大学構内で魅力的な女子から誘いのチラシを受け取り、出会いを期待してある場所へ赴くが...。

混乱する瀬上は"スモール3"と遭遇する。彼らは勇敢な自衛官のパイロットが宇宙船に命がけで挑む姿を目撃する。果たして、その姿は彼らの心に火をつけるのか?

抵抗組織"リベリオン"は渋谷でのゲリラ攻撃を宣言し、瀬上はそれに加わる決意を固める。一方、泣きながら宇宙船内をさまようふたばは、翼のある不思議な生き物を見つける。

眠り込むふたばを異星人たちが取り囲む! 渋谷では、瀬上たちが激しい戦いを繰り広げるも、次第に追い詰められていく。撤退する途中、瀬上はかつてのクラスメイト、田代を見つけるが...。

新たな友達を守るため、異星人の兵士たちと対峙(たいじ)するふたば。大きな犠牲を強いられた瀬上と"リベリオン"は、秘密兵器に賭けることに。

異星人の兵器を奪って反撃の先陣を切るジーニアス。だがその背後に、恐ろしい異星人兵士2人が迫っていた。一方ドクたちは、答えを求めてある場所に向かう。

スモール3が渋谷を目指して空を駆け抜ける一方、攻勢を強める異星人兵士相手に手詰まりになっていくジーニアス。応援が到着するが、果たしてそれで十分なのか...。