新世紀エヴァンゲリオン

西暦2015年、"使徒"が15年ぶりに第3新東京市に襲来。少年・碇(いかり)シンジは葛城ミサトに連れられ、父ゲンドウが指揮する特務機関ネルフの本部へ。

エヴァンゲリオン初号機での初陣を果たしたシンジは病院で目覚めるが、記憶が混乱しているという。気の毒に思ったミサトは、彼と同居することに。

シンジがエヴァのパイロットであることが発覚し、クラスメートのトウジは苦々しく思う。そんな中使徒が現れ、シンジは再びエヴァ初号機で戦いに臨む。

戦いを終え、苦悩のあまり家出をするシンジ。偶然会ったケンスケと一緒に過ごすが、ネルフの職員に連れ戻され、ミサトから厳しい判断を迫られる。

エヴァ零号機パイロット・綾波(あやなみ)レイがようやく回復。彼女のこれまでの経歴は白紙で現在親しい友人もなく、シンジにも一切の興味を示さない。

ネルフ本部へ掘削攻撃をしかける第5使徒。ミサトは、日本中の電力を動員した陽電子砲(ポジトロンライフル)による狙撃、"ヤシマ作戦"を提案する。

リツコは"セカンドインパクト"の隠された真相をシンジに説明。そんな中リツコとミサトは、エヴァに対抗して開発された兵器の実演会に出席するが...。

シンジはミサトに連れられ友人らと海に向かい、エヴァ弐号機とパイロットのアスカと対面。ミサトの知人・加持リョウジも現れるが、彼にはある目的が。

新たな使徒が襲来し、アスカとシンジが立ち向かうも劣勢に立たされる。撃砕するには、2人が完璧に同調した動きを6日間でマスターしなければならない。

ネルフが火口内にサナギのような状態の使徒がいるのを確認。溶岩にも耐えられる特殊装備をエヴァ弐号機に施し、アスカが捕獲作業に向かう。