ID-0 アイディー・ゼロ

惑星連盟アカデミーの学生マヤは、Iマシンに意識を移して掘削現場に立ち会うよう命じられる。だが事故に遭遇し、教授たちから見捨てられてしまう。

教授に不正取引の濡れ衣を着せられ、驚愕するマヤ。グレイマンにスカウトされ、エスカベイト社で働くことにするが、ふとある疑問を抱く。

オリハルトから謎の少女が出現し、仰天するマヤ達。そこへ連盟軍が突然現れ、船は拿捕されてしまう。軍は、違法掘削容疑で調査を行うというのだが…。

アマンザ中尉は尋問を受けるが、隙を見て逃走。マヤと謎の少女は、人質になってしまう。だがその時、巨大な質量が突如としてミゲル・アウトしてくる。

窮地を脱したストゥルティー号を、衛星は執拗に追いかける。狙いは、謎の少女なのか。そんな中、マヤは偶然、イドの過去に関する話を聞いてしまう。

謎の少女・アリスを保護したイドは、失われていた過去を脳裏に垣間見た。衛星の移動岩が再び襲来したその時、独立機関・条約遵守機構の戦艦が現れる。

アリスを救ったものの、移動岩に飲み込まれたマヤとイド。生存限界が迫る中、20年前の有人探査船を発見する。そこには、驚くべき情報が眠っていた。

有人探査船でサルベージした航海ログを聞いたイドたちは、そのログに残っていた謎の人物ドクター・アリスガワを探し出そうと決意する。

過去の自分やストゥルティー号の面々との出会いを思い返すカーラ。一行は、ケイン・アリスガワについてある仮説を立て、確かめるべく行動を開始する。

イドに告げられた衝撃の真実。なんと、ケイン・アリスガワの肉体こそが、イドの本来の肉体だった。イドの過去、そして全ての始まりが明らかになる!